

BNPT dibentuk berdasarkan Peraturan Presiden Nomor 46 Tahun 2010. Sebelumnya cikal bakal lembaga ini adalah Desk Koordinasi Pemberantasan Terorisme (DKPT).[2]
BNPT mempunyai tugas:
- Merumuskan, mengoordinasikan, dan melaksanakan kebijakan, strategi, dan program nasional penanggulangan Terorisme di bidang kesiapsiagaan nasional, kontra radikalisasi, dan deradikalisasi;
- Mengoordinasikan antarpenegak hukum dalam penanggukangan Terorisme;
- Mengoordinasikan program pemulihan Korban; dan
- Merumuskan, mengoordinasikan, dan melaksanakan kebijakan, strategi, dan program nasional penanggulangan Terorisme di bidang kerja sama internasional.
Susunan organisasi BNPT terdiri dari:
- Kepala
- Sekretariat Utama
- Deputi Bidang Pencegahan, Perlindungan, dan Deradikalisasi
- Deputi Bidang Penindakan dan Pembinaan Kemampuan
- Deputi Bidang Kerjasama Internasional
- Inspektorat
